Село возникло в 1862 году в связи со строительством русского военного укрепления. Укрепление получило название по бывшему аулу Гуниб (с аварского Гуни-меэр — стог сена), который располагался на вершине плато и был разрушен в 1859 году. Укрепление являлось центром Гунибского округа. В 1895 году в нем располагались казармы Самурского полка и Терско-Дагестанской крепостной артиллерии, 29 дворов служащих, торговцев и отставных солдат, православная церковь, почтовая станция.

Природная крепость Гуниба являлась последним оплотом имама Шамиля, была взята русскими войсками 25 августа 1859 года.

С высоты птичьего полета яркие крыши дагестанского аула Гуниб выглядят словно палитра красок, брошенная на изумрудные луга Гунибского плато. Но это место привлекает не только природной красотой. Именно Гуниб сыграл ключевую роль на завершающем этапе Кавказской войны. До сих пор здесь сохранилось немало памятников той эпохи.

Приезжающие в Гуниб туристы находят в этих местах тишину, спокойствие, и, конечно, наслаждаются солнцем, которое освещает величественные горы более 300 дней в году. Именно возможность без ограничений пользоваться уникальными подарками природы ставит Гуниб в ряд ведущих климатических курортов России — здесь работают несколько санаториев и пансионатов как для взрослых, так и для детей.

Историю Гуниба можно разделить на две части: до и после строительства русской крепости. Аул Гуниб (в переводе с аварского языка Гуни-меэр — «стог сена») располагался на самой вершине плато, но был полностью разрушен в 1859 г. Именно тогда в Гунибе произошли трагические события, ознаменовавшие конец продолжительной Кавказской войны. Аул несколько дней держал осаду русских войск, пока возглавляющий сопротивление имам Шамиль не сдался командованию императорской армии.

В 1893 г. на месте пленения имама Шамиля была построена ротонда, внутри которой поставили камень с надписью: «На сем камне восседал князь фельдмаршал Барятинский, принимая пленного Шамиля в 1859 году 25 августа». Строение не выдержало испытания временем, но в 2000 г. все же было восстановлено.

После этих событий оставшиеся в живых гунибцы были выгнаны из аула, а в самом селе началось возведение крепости для расквартированного здесь русского гарнизона.

Гуниб — это настоящий музей под открытым небом с эндемичной природой, богатейшим историческим и архитектурным наследием. Сегодня село входит в состав природного парка «Верхний Гуниб», благодаря чему расположенным здесь 300 памятникам федерального, республиканского и местного значения ничего не угрожает.

В Гунибе работает филиал Дагестанского научного центра РАН, в ботаническом саду которого растут более 600 представителей кавказской флоры. Некоторые сорта выведены специально для высаживания в горных районах.

Тишина, покой, солнце, всегда свежий, даже несмотря на безветрие, горный воздух — все это поспособствовало тому, что рядом с Гунибом работают несколько санаториев и баз отдыха. Основной медицинский профиль местных здравниц — лечение болезней органов дыхания.

В 3 км от Гуниба расположен санаторий-профилакторий «Радде», где поправляют здоровье больные бронхиальной астмой. Сомневаться в эффективности лечения не приходится: свежий, разреженный, ионизированный воздух делает свое дело. А открывающийся с высоты 1700 м над уровнем моря вид на живописные пейзажи плато настраивает на позитивный лад и ускоряет выздоровление.